Năm 1986, cô đã thành lập một Hiệp hội Hợp tác Tín dụng và Tín dụng trong số các nhân viên của trường học Butare, và vai trò cao cấp của cô trong tổ chức tự lực đã khiến cô được chính quyền Kigali chú ý, người muốn bổ nhiệm những người ra quyết định từ những người bất mãn phía nam của đất nước. Năm 1989, cô trở thành Bộ trưởng của Bộ Thương mại.

Cô gia nhập Phong trào Dân chủ Cộng hòa (MDR), là một đảng đối lập vào năm 1992, và tháng Tư được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Giáo dục bởi Dismas Nsengiyaremye, [1] thủ tướng đối lập đầu tiên theo kế hoạch chia sẻ quyền lực giữa Tổng thống Juvénal Habyarimana và năm các đảng đối lập lớn. Khi Bộ trưởng giáo dục Uwilingiyamana bãi bỏ hệ thống hạn ngạch học thuật dân tộc, trao giải thưởng cho các trường công lập và học bổng bằng cách xếp hạng bằng khen mở. Điều này xảy ra vào giữa cuộc Nội chiến Rwandan năm 1990, và đã khiến cho cô là nạn nhân của sự thù hằn của những kẻ cực đoan người Hồi giáo, vì hệ thống hạn ngạch đã ủng hộ Hutus.[1]

Vào ngày 17 tháng 7 năm 1993, sau cuộc gặp giữa Tổng thống Habyarimana và tất cả năm đảng, Uwilingiyimana trở thành thủ tướng của Rwanda, thay thế Nsengiyaremye.[1] Việc Điều hành chính trị ở đất nước này dẫn đến vị trí thủ tướng của bà không có sự hỗ trợ nào từ các cấp bậc và hồ sơ của MDR. [cần dẫn nguồn] Bữa tiệc được phân chia giữa những người ôn hòa và cực đoan, và cô ấy là một người ôn hòa.[3] Nsengiyaremye [cần dẫn nguồn] và MDR triệu tập một đại hội bất thường trong Kabusunzu từ ngày 23-24 tháng bảy, trong đó đường lối cứng rắn đã cô từ chức khỏi đảng, [3] cùng với Chủ tịch MDR, Faustin Twagiramungu. [cần dẫn nguồn] [ <span title="This claim needs references to reliable sources. (April 2019)">cần dẫn nguồn</span> ]Uwilingiyimana đã từ chức chỉ một thời gian ngắn vì thiếu các sự hỗ trợ cho mình, nhưng một nhóm các nhân cách nổi bật, bao gồm Twagiramungu và Théoneste Bagosora, đã bác bỏ đơn xin từ chức của cô.[4] Do đó MDR được chia thành hai phe, mỗi phe tự xưng là MDR thực sự.[5] Tại một cuộc họp ở Kigali, Habyarimana đã nói về việc cô ấy kiên trì là "Bạn, người phụ nữ!", Cô ấy trả lời "Đừng nói chuyện với tôi như thế. Tôi không phải là vợ của bạn!" [2]